Na estrutura organizativa de Avelaíña existen dous niveis de organización diferenciados e coordinados: o nivel político e o nivel técnico.

O nivel político represéntao a Asamblea Xeral e a Xunta Directiva que é o órgano de goberno elixido na asamblea co fin de cumprir e facer cumprir os acordos pactados.

A nivel técnico, Avelaíña conta con varios departamentos encargados da xestión e prestación de servizos ás persoas usuarias.